柴达木马体格中等，体躯粗壮，四肢稍短，中躯偏长，骨量较好，结构较协调，体质多粗糙、湿润。头短粗、略显小，多直头，少数马呈楔头，盆地东部马较西部马头干燥。眼中等大，耳小翼厚，下颌嚼肌欠发达，颌凹稍小，口吻部小而圆。颈短略薄，多水平颈。头颈、颈肩结合较好，少数马有开肩。髫甲较低、短而宽，西部马较东部马髻甲略显高长。胸深但胸宽稍差，肋骨开张良好，腹不过大，背腰平直，腰较长，背腰结合尚好。尻宽中等、较短斜，多呈圆尻，尾础较低。四肢关节发育较好，强而有力。管部短粗，骨量较大，东部马比西部马管部略细且稍干燥。系中等长，部分马飞节和系部稍弱。前肢肢势端正，少数马略呈广踏、狭踏、内向、外向，后肢刀状、外弧、外向占有较大比例。蹄中等大、低而圆，蹄质较差，东部马多有裂蹄。鬃、鬣、尾毛长且浓密，全身被毛粗长。